امام در زمان امین
پس از هارون بر سر خلافت بین امین و مأمون اختلافی سخت روی داد هارون امین را برای خلافت بعد از خود تعیین کرده بود و از او تعهد گرفته بود که پس از او مأمون خلیفه شود و نیز حکومت ایالت خراسان در زمان خلافت امین در دست مأمون باشد؛ ولی امین پس از هارون در سال ۱۹۴ هجری مأمون را از ولیعهدی خود عزل و فرزند خود موسی را نامزد این مقام کرد. (تاریخ ابن اثیر، ج ۶، ص ۲۲۷) بالاخره پس از درگیریهای خونینی که میان امین و مأمون رخ داد، امین در سال ۱۹۸ هجری کشته شد و مأمون به خلافت رسید.
امام رضا در طول این مدت از درگیریهای دربار خلافت و اشتغال آنان به یکدیگر استفاده کرد و به ارشاد و تعلیم و تربیت پیروان پرداخت.
امام در زمان مأمون
مأمون در میان خلفای بنی عباس از همه داناتر و مکارتر بود درس خوانده بود و از فقه وعلوم دیگر آگاهی داشت؛ چنانکه با برخی از دانشمندان به بحث و مناظره می نشست. البته آگاهی او از علوم روز نیز وسیله ای بود برای پیشبرد سیاستهای ضد انسانی او، وگرنه هرگز به دین و اسلام پای بند نبود؛ در عیاشی و فسق و فجور و اعمال شنیع دیگر از سایر خلفا هیچ کم نداشت نهایت آنکه از دیگر خلفا محتاط تر رفتار میکرد و با سالوس و ریا بیشتر عوام فریبی مینمود و برای استحکام پایه های حکومت خودگاه با فقها نیز همنشین میشد و از مسائل و مباحث دینی نیز سخن میگفت.
همنشینی و صمیمت و همدمی مأمون با قاضی یحیی بن اکثم که مردی رذل و کثیف وفاجر بود بهترین گواه بی دینی و فسق و رذیلت مأمون است؛ یحیی بن اکثم مردی بود که به شنیع ترین اعمال در جامعه شهرت داشت .